| 分類 | 電解質 | 運転温度 | 燃料 | 特徴 | 
                      
                        | 固体高分子型 (PEFC;
 Polymer Electrolyte Fuel Cells)
 | プロトン交換膜 | 室温〜80℃ | 純水素 メタノール
 天然ガス
 | 低温動作が可能なので、応用の幅が広い。また材料が安価なため大幅なコスト削減が期待され、自動車やコジェネレーションシステムなどへの利用が期待されている。 なお改質器を通さずにメタノールを直接燃料とするダイレクトメタノール型(DMFC)は小型化が可能なためモバイルの電源として期待されている。
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                        | リン酸型 (PAFC;
 Phosphoric Acid Fuel Cells)
 | 高濃度リン酸 | 約200℃ | 純水素 メタノール
 天然ガス
 | 技術的にはかなり確立されている。ガスエンジンとの競合でどう活路を切り開いていくかが重要。 | 
                      
                        | アルカリ型 (AFC;
 Alkaline Fuel Cells)
 | 水酸化カリウムなど | 室温〜150℃ | 純水素 | 宇宙用として実用化された最も古いタイプの燃料電池。ただし、炭酸ガスが電解質に吸収されると炭酸塩として析出するため改質ガス燃料は使えない。 | 
                      
                        | 溶融炭酸塩型 (MCFC;
 Molten Carbonate Fuel Cells)
 | リチウム・カリウム炭酸塩 | 600〜700℃ | 天然ガス、ナフサ、石炭ガス | 発電所などの大型の電力供給を目的に研究されている。 | 
                      
                        | 固体酸化物型 (SOFC;
 Solid Oxide Fuel Cells)
 | ジルコニアセラミック系 | 約1000℃ | 天然ガス、ナフサ、石炭ガス | 高温で運転するため、アノード上で改質反応と発電反応が起こる。そのため大掛かりな外部改質器を必要としない。PEFCとともに注目されている。 |